29 января состоялась панихида. До 29 января тело отца Пафнутия оставалось в монастыре, чтобы все желающие смогли попрощаться. А в пятницу, 29 января после обеда гроб доставили в Лаврентьевский монастырь. Отпевание состоялось 30 января.
– Наш монастырь впервые испытал ощущения осиротения, потеряв отца-наместника, – говорит иеромонах Фотий. – Еще более усиливает это чувство то, что духовник монастыря находится в затворе. Но мы надеемся, что преподобный Пафнутий не оставит без утешения, и духовная паства вновь обретет своего достойного пастыря. Мы надеемся, что Господь уготовит особые обители бывшему наместнику и вселит его во дворя своя, где нет болезней, ни печали, ни воздыхания. Вчера, когда мы прощались с иеромонахом Пафнутием, и с крестным ходом обходили главный собор, на мгновение, в пасмурный день, разверзлись тучи, и показалось яркое солнышко, что напомнило братии о том, что у Бога все живы.